Wembley ble valgt fremfor prosjekter i Birmingham og Coventry, som også ønsket nasjonalanlegget for fotball.
Idrettsminister Tessa Jowell sa i parlamentet onsdag at regjeringen ikke nødvendigvis vil støtte et nytt praktanlegg i Wembley nord i London.
— Det er mye arbeid som må gjøres før en endelig avgjørelse om nasjonalanlegg kan treffes, sa Jowell, som antydet at anlegget kan havne i Birmingham dersom Wembley-prosjektet ikke lar seg gjennomføre.
— Men også fotballforbundet innser at det ikke er gitt at det blir noe nasjonalanlegg i det hele tatt, sa hun.
Prosjektet med å erstatte verdens mest berømte fotballarena med et nytt og tidsriktig anlegg har vært forfulgt av problemer. På grunn av manglende finansiering er intet gjort til nå, et drøyt år etter at siste kamp på gamle Wembley ble spilt.
FAs daglige leder Adam Crozier sa på en pressekonferanse onsdag at den nye arenaen skal kunne brukes til store friidrettsstevner også, ved hjelp av provisoriske løpebaner som kan settes opp i løpet av noen uker.
Hele prosjektet skal koste 715 millioner pund (9,2 milliarder kroner), men det inkluderer infrastruktur. Selve arenaen vil ha en prislapp på 358 millioner pund (4,6 milliarder kroner).
Myndighetene har lovet å bidra med bare 260 millioner kroner, som skal brukes på infrastruktur. Prosjektet er tildelt over halvannen milliard kroner i lottopenger.