Rennet skulle egentlig blitt gjennomført lørdag, men ble utsatt til søndag på grunn av de utfordrende værforholdene på Østlandet.
Søndag var det imidlertid strålende sol og fine forhold. Nygaard gikk i mål på tiden 2.23.55.
Det er over minuttet raskere enn vinnertiden hans fra i fjor.
Svenske Max Novak ble nummer tre.
Nygaard vant rennet for første gang i 2018 og står med fire triumfer totalt.
I kvinneklassen var det Magni Smedås som vant.
Det så lenge ut Emilie Fleten kunne bli historisk med syv Ski Classics-seirer i samme sesong, men til slutt ble Smedås for sterk.
Hun kom alene til mål og vant Birken for første gang med tiden 2.47.09.