Samtidig sikret Slovakia EM-billett med seieren torsdag kveld.
Island skal dermed høyst sannsynlig ut i playoff i mars neste år.
De har vært under pari i EM-kvalifiseringen og har kun fått én seier på seks kamper under Åge Hareides (70) ledelse.
Per nå ligger Island an til å møte Israel i en semifinale i playoff til EM.
Hareide og Island gikk i ledelsen, men Slovakia tok etter hvert en fortjent ledelse. Juraj Kucka, Ondrej Duda og Lukás Haraslín (x2) scoret målene til slovakene, mens Orri Steinn Oskarsson og Andri Gudjohnsen var Islands målscorere.
Ungarn sikret også torsdag avansement til EM. De spilte 2–2 mot Bulgaria.
Sverige tapte hele 0–3 mot Aserbajdsjan: