Alonso pådro seg et brudd i den høyre foten under trening onsdag.
Klubben antyder at Alonso blir ute i tre måneder.
Alonso var akkurat tilbake i trening etter en langvarig lyskeskade, som blant annet gjorde at han ikke kunne delta i kontinentcupen for Spania i sommer.
Manager Carlo Ancelotti tok ikke med Alonso til kampen mo Betis sist søndag grunnet manglende kamptrening.
Det blir en stund til neste gang 31-åringen er aktuell for kamp i Real Madrids tjeneste.
Trolig går Xabi Alonso glipp av brorparten av Real Madrids kamper i mesterligaens gruppespill. Det er også tvilsomt om han kan spille sesongens første El Clásico mot Barcelona 26. oktober.
(©NTB)