Argentineren var tilbake etter en måneds avbrekk på grunn av en leggskade. Han brukte ett minutt på hamre inn 4-0-målet etter å ha erstattet spisskollega Alvaro Negredo 20 minutter før slutt.
Etter kveldens seier er Manuel Pellegrinis lag oppe i 99 scoringer i alle turneringer denne sesongen. 64 av dem er kommet på hjemmebane.
Negredo og Edin Dzeko scoret to ganger hver i onsdagens storseier. Én av dem, trolig sistnevnte, må vike plass for en frisk Agüero i City-angrepet.
– Jeg synes ikke det er dårlig nytt at Agüero er tilbake. Det er gode nyheter for laget, for han er viktig, sa Dzeko etter kampen ifølge BBC.
Løsnet
Blackburn, som klarte 1-1 på hjemmebane i den opprinnelige kampen i 3. runde, holdt lenge nullen, men som tidligere i sesongen viste City seg overlegne på eget gress.
Helt på tampen av første omgang gjorde Negredo 1-0. Han doblet ledelsen like etter hvilen.
Annen omgang var nesten halvspilt da Dzeko scoret sitt tredje mål på tre kamper til 3-0. Bosnieren fastsatte også sluttresultatet til 5-0 i det 79. minuttet.
Tap for bursdagsbarnet
Joshua King fylte 22 år onsdag, men fikk ingen hyggelig feiring. Nordmannen spilte 32 minutter som innbytter i braktapet.
– Vi har et ungt lag, og kanskje var det noe å lære her. Du så forskjellen mellom mesterskapsserien og Premier League, sa Blackburn-manager Gary Bowyer.
Han sparte noen viktige spillere til helgens ligakamp mot Nottingham.
Manchester City møter Watford på hjemmebane i 4. runde.
(©NTB)