Advarselen er den første i sitt slag i løpet av seks måneder preget av stadig mer voldsomme protester.
– Hvis demonstrantene fortsetter å utføre farlige handlinger, vil vi ikke ha noe annet valg enn å bruke et minimum av makt, inkludert skarpe skudd, sier politiets talsperson Louis Lau i en Facebook-sending.
Tidligere er tre demonstranter truffet av skudd i Hongkong, men det skjedde uten at politiet hadde fremmet noen slik advarsel.
Det pågår søndag opptøyer i byen, og studenter som krever demokratiske reformer har slått seg til på området til Hong Kong Polytechnic University.
Politiet er blitt møtt med brannbomber, pil og bue og andre prosjektiler. Søndag stilte de et ultimatum til demonstrantene og ba dem forlate området.