Degenkolb tok sin sjette seier for sesongen og sin første Grand Tour-etappeseier i karrieren.
Ben Swift klarte akkurat å slå Elia Viviani i kampen om tredjeplassen.
Jonathan Castroviejo i Movistar satt med i feltet og forsvarte ledertrøya som han fikk etter lagtempoen på første etappe.
Den andre etappen var på drøyt 180 kilometer og ble kjørt i 35 graders varme.
Mandag venter en virkelig styrkeprøve med en tøff fjellpassering helt på slutten før målgang i Eibar. (©NTB)