Etter en lang debatt ble voteringen avsluttet først ved 20-tiden.
Regjeringens ene samarbeidsparti KrF sier nei til tvang, men Venstre sikret flertall for de største endringene i kommunestrukturen siden 1950-tallet.
Elleve av sammenslåingene vil skje med bruk av tvang.
Under voteringen ble det klart at det bare var én stemmes overvekt, 85 mot 84 stemmer, for å slå sammen Kristiansand, Søgne og Songdalen. Med samme flertall ble det vedtatt å slå sammen Mandal, Marnardal og Lindesnes, og Sogndal, Balestrand og Leikanger fra 1. januar 2020.
Ingebjørg Godskesen (Frp) var blant de 84 som stemte mot disse tre tvangssammenslåingene.
– Jeg stemte nei fordi folket i de fleste av kommunene stemte nei i folkeavstemning, skriver Godskesen i en sms til Fædrelandsvennen.
Hun hadde på forhånd varslet at hun vurderte å trosse sitt eget parti og regjeringen. Ingen andre slo følge, og alle sammenslåingene ble dermed vedtatt slik det lå an til på forhånd.
– Kanskje jeg burde følge flertallet, men det er svært vanskelig for meg i denne sammenhengen. Jeg må ta et valg i dag. Min stemmegivning i saken blir litt variert, sa Godskesen fra talerstolen.
I de øvrige åtte forslagene til tvangssammenslåing stemte Godskesen med flertallet, slik at resultatet her ble 86 mot 83 stemmer.
Kommunalkomiteen gikk inn for å kutte antall kommuner fra 428 til 354 og fikk torsdag altså tilslutning fra Stortinget i plenum.
Alle Stortingets 169 representanter var til stede under voteringen. Årsaken var at Senterpartiet ikke ville godta såkalt utbytting i saken. Dermed ble det nødvendig for også alle de andre partiene å møte opp med full gruppe ved voteringen.