Skjelvet hadde en styrke på 5,7, og episenteret var langt til havs, rundt 100 kilometer sørvest for Denpasar på Bali og 96 kilometer dypt.
Turister på Bali forteller at det ristet kraftig i hotellene deres, og mange flyktet ut i friluft i panikk.
Indonesias katastrofemyndigheter viste fram noen bilder av et delvis ødelagt hus og en moské i det østlige Java og et skadd hindu-tempel på Bali, men ellers er det ikke meldt om større skader.
Hovedsykehuset i Denpasar evakuerte alle sine pasienter, og det samme gjorde en rekke skoler og hoteller.
Indonesia rammes jevnlig av jordskjelv, og to mennesker mistet livet i et annet skjelv i Nord-Maluku-provinsen søndag.