Myndighetene sier at funnet ble gjort i to konteinere i slutten av mai ved hjelp av narkohunden Hutch.
Forsendelsen kom til Slovakia via en havn i Kroatia, og skal ha sitt opphav fra Mexico, meddeler slovakiske myndigheter.
Ifølge myndighetene skal beslaget ha en gateverdi på rundt 2 milliarder euro, og var planlagt å distribueres i hele EU.
Saken skal nå etterforskes videre av slovakiske myndigheter.