Flygeren ble plukket opp av et redningshelikopter tilhørende det danske flyvåpenet.
Flyet styrtet i forbindelse med en øvelse, opplyser Værnfælles kommando til nyhetsbyrået Ritzau.
Pressetalsmann Lars Skjoldan i Flyvertaktisk kommando sier flyet styrtet på grunn av en teknisk feil.
Havariet skjedde tirsdag ettermiddag i Vadehavet, som er et randhav i Nordsjøen. Det er uklart hvor stor del av F-16-flyet som har sunket i havet.