De to ble henrettet torsdag morgen i Osaka, skriver Japan Times.
Henrettelsene ble utført etter ordre fra justisminister Takashi Yamashita og er de første siden juli.
Det var to menn, nå 60 og 67 år gamle, som ble hengt. De ble i 1988 dømt til døden for overlagt drap på direktøren og en ansatt i et firma for investeringsrådgivning.
I juli var det de siste seks medlemmene av dommedagssekten Aum Shinrikyo som ble henrettet. Sekten sto bak et nervegassangrep på undergrunnen i Tokyo i 1995. Til sammen 13 personer ble henrettet for angrepet.
Japan er sammen med USA blant de få industrialiserte landene som fortsatt praktiserer dødsstraff. I 2016 kom Japans advokatforbund med et opprop der de ba regjeringen avskaffe dødsstraff. Advokatene foreslo i stedet å innføre livstidsstraff uten mulighet for prøveløslatelse innen 2020.
Regjeringen har forsvart videreføringen av praksisen med meningsmålinger som viser at befolkningens støtte til dødsstraff fortsatt er høy.
Hittil i år er 15 personer henrettet i Japan, det høyeste antallet siden 1993 da bruken av dødsstraff ble gjeninnført etter et midlertidig opphold.