Skytingen fant sted i 7-tiden tirsdag morgen på et sykehuset i byen Ostrava, 350 kilometer øst for Praha.
Gjerningsmannen, som ifølge politiet var en 42-åring med kriminelt rulleblad, trakk fram en 9 mm pistol og åpnet ild mot de ventende pasientene.
Ifølge statsminister Andrej Babis siktet gjerningsmannen mot ofrenes hoder.
Fire menn og to kvinner ble drept og tre personer såret, før mannen forsvant i en bil av typen Renault Laguna.
Politiet innledet en storstilt jakt på mannen, og det ble satt inn helikoptre i letingen. Den grå bilen ble funnet, men mannen tok sitt eget liv da politifolkene nærmet seg, opplyser innenriksminister Jan Hamacek.
Gjerningsmannens motiv er ikke kjent, men ifølge Babis hadde mannen selv vært pasient ved sykehuset i Ostrava.