Narkotikamengden besto av mer enn 4,5 millioner brukerdoser og har ifølge Colombias marine en verdi på i overkant av en halv milliard norske kroner.
Beslaget ble gjort av marinen utenfor den sørvestlige kysten av Colombia. Aksjonen var et samarbeid mellom militæret og påtalemyndigheten.
Mannskapet på ubåten hoppet i sjøen og flyktet inn i et utilgjengelig mangrove-område, opplyste marinen torsdag.
Ubåter som frakter narkotika, har blitt oppdaget og beslaglagt ved flere anledninger tidligere. Colombia regnes for å være verdens største kokainprodusent.