Putin stilte til valg uten reelle motkandidater og sikrer seg dermed en femte periode som landets president.
Den russiske valgkommisjonen opplyser etter at nesten 25 prosent av stemmene er telt opp, leder Putin med 87,98 prosent.
Valglokalene har vært åpne i tre dager, men den siste valgdagen ble til dels preget av at mange fulgte opposisjonens oppfordring om å delta i en «kø-protest».
Enken til den avdøde opposisjonspolitikeren Aleksej Navalnyj, Julia Navalnaja, var blant dem som hadde oppfordret flest mulig til å protestere ved å møte opp presis klokka 12 søndag for å oversvømme valglokalene.
Og tusenvis av russere fulgte oppfordringen. Da klokka passerte 12, var det lange køer utenfor valglokaler i Moskva og mange andre byer. Også utenfor russiske ambassader i mange andre land hadde folk stilt seg opp for å markere sin motstand mot Putin og hans regime.
Mange har også skrevet skjellsord og protester mot Putin og krigen i Ukraina på stemmesedlene. Telegram-kanalen OVD-info melder at minst 74 personer er pågrepet i 17 byer rundt om i landet.
Etter å ha avlagt stemme i valglokalet i Moskva der Navalnyj stemte tidligere, sa IT-arbeideren Aleksandr at han kom fordi det var en av de eneste måtene han kunne protestere på.
– Hadde jeg ikke gjort dette, hadde jeg følt meg som en feiging, sa 29-åringen.
71 år gamle Putin har sittet ved makten siden 1999. At han nå får seks år til ved makten, betyr at han blir den lengstsittende lederen i Russland siden Katarina den store på 1700-tallet.