Maya har flyttet inn med bestemoren, og foreldrene kommer ikke før om noen uker. Hun kjeder seg, og alt hun gjør blir feil. Det eneste hun vil er å hjelpe til, at noen skal trenge henne, men hun er bare i veien.
En dag følger hun etter en liten katt ut i skogen som leder henne til et stort tre. Blant treets greiner ligger det en liten sopelime som passer perfekt til henne. I tillegg finner hun noen rare, klissete blomster. Blomsten sprer seg over fingrene hennes og plutselig våkner sopelimen til live og drar henne med seg høyt opp i luften, og flyr henne til hekseskolen Endor. Her møter hun blant andre rektor Mummelbork og Doktor Dee, men hun aner snart at de skjuler noe.
Studio Ponoc ble startet i 2015 av tidligere ansatte fra Studio Ghibli, og «Maya og hekseblomsten» er det japanske studioets første film. Men bortsett fra det er det lite japansk over filmen. Den er basert på Mary Stewarts bok «The Little Broomstick» hvor handlingen foregår på den engelske landsbygda med kun hvite karakterer. Historien om heltemot, vennskap og å finne sin plass i verden, er imidlertid universell og vil garantert underholde de unge publikummerne.