Botha var først statsminister og senere president fra 1978 til slutten av 1980-tallet. Han fikk kallenavnet «Groot Krokodil» — den store krokodillen - på grunn av sitt urokkelige forsvar av det rasistiske apartheidsystemet. Han nektet fram til sin død å innrømme vesentlige feil i løpet av sin politiske karriere.Han lot seg aldri påvirke av den økende internasjonale kritikken mot det sørafrikanske regimet, men valgte å holde fast på prinsippene til Det nasjonale partiet, som han ledet.
I 1989 måtte han gi fra seg makten til F. W. De Klerk, som etter hvert justerte den politiske kursen og banet vei for avviklingen av apartheidsystemet.
Etter regimeendringen avviste Botha å møte for den sørafrikanske Sannhets- og forsoningskommisjonen. Kommisjonen skrev i en rapport i 2003 at ekspresidenten hadde skylden for mye av lidelsene i perioden da det hvite mindretallet hadde all politisk makt.
I et kontroversielt intervju i forbindelse 90-årsdagen sin tidligere i år, sa Botha at Sør-Afrika hadde vært fortapt hvis apartheidregimet hadde blitt avviklet på et tidligere tidspunkt. Han nektet samtidig for at han noen gang hadde sett på svarte som mindreverdige og hevdet mange svarte og fargede i virkeligheten støttet det rasistiske regimet. (©NTB)