Den 46 år gamle høyrepolitikeren sikret seg 24,4 prosent oppslutning under søndagens valg i landet, viser resultatene når 94,9 prosent av stemmene er talt opp.
Den konservative forretningsmannen Manuel Baldizón følger på andreplass med 19,4 prosent, mens landets tidligere førstedame, sosialdemokraten Sanda Torres har fått 19,1 prosent.
Ingen av kandidatene ligger dermed an til å sikre seg over halvparten av stemmene, og det må derfor en andre valgomgang til. Den skal holdes 25. oktober, men det er foreløpig åpent om Morales får følge av Baldizón eller Torres.
Presidentvalget i Guatemala finner sted bare få dager etter at landets tidligere president Otto Pérez Molina ble tvunget til å gå av som følge av en korrupsjonsskandale.
Perez ledet tidligere landets fryktede militære etterretningstjeneste D-2 og var en sentral skikkelse under fredsforhandlingene med URNG-geriljaen som fant sted i Norge på 1990-tallet. (©NTB)