Politiet beskriver gjerningsmannen som en glattbarbert hvit mann på 21 år. Han hadde på seg genser, jeans og støvler.
Skyteepisoden, som skjedde onsdag kveld, var rasistisk motivert, ifølge politisjef Gregory Mullen i Charleston. Utover natten var gjerningsmannen fortsatt ikke pågrepet.
– Det var åtte døde personer i kirken. To ble fraktet til sykehus, hvor en døde. Vi har ni ofre, sier politisjef Mullen.
– Det er ille, det ser skikkelig ille ut der inne, sier den lokale pastoren Thomas Dixon.
Kirkens pastor Clementa Pinckney, som også er folkevalgt i South Carolina, var blant de drepte, skriver borgerrettighetslederen Al Sharpton på Twitter.
Emanuel African Methodist Episcopal Church i Charleston er den eldste metodistkirken i sørstatene. Bygningen ble bygd i 1831 og regnes som en historisk viktig.
Bombetrussel
– Dette er en forferdelig og hjerteskjærende tragedie i denne historiske kirken. En ond og hatefull person tok livene til borgere som var samlet til bønn, sier borgermesteren i byen, Joe Riley til avisen Post and Courier.
Rett etter skyteepisoden anholdt politiet en mann med ryggsekk og et fotoapparat, men opplyste senere at de fortsatt jakter på gjerningsmannen.
En talsmann for politiet i Charleston opplyste at det ble framsatt en bombetrussel i forbindelse med skytingen, men sa senere at det ikke er noe hold i trusselen.
Ifølge den lokale TV-stasjonen WSCB er FBI på stedet.
Bush avlyste opptreden
Jeb Bush, som har meldt seg på i kampen om å bli Republikanernes presidentkandidat, avlyste en opptreden han hadde planlagt i Charleston torsdag.
– Guvernør Bush sender sine tanker og bønner til de berørte personene og familiene i denne tragedien, skriver Bushs kampanjeteam i en uttalelse.
Flere personer hadde samlet seg foran et hotell nær kirken etter skyteepisoden.
– Vi ber for familiene, sier prest James Johnson.