Denne typen av fugleinfluensaen kan smitte mennesker og i verste fall være dødelig.
Totalt ble fire døde svaner funnet, og de foreløpige testene av to av dem tyder på at de var smittet av H5N1-varianten av viruset, opplyser en talskvinne for tyske landbruksmyndigheter.
Hun legger til at prøvene nå er på vei til Storbritannia for videre analyse.
Tidligere tirsdag ble det meldt om funn av H5N1-typen av fugleinfluensaen både i Romania og Østerrike. Dersom viruset nå har spredd seg til Østersjøen, er veien kort til Danmark, Sverige og Norge.
Satte i verk tiltak
Tidligere tirsdag ga tyske myndigheter beskjed om at alt fjærfe skulle holdes innendørs mellom 20. februar og slutten av april i et forsøk på å hindre et utbrudd av fugleinfluensa i Tyskland i denne perioden. Mange trekkfugler vender tilbake til Europa på denne tiden av året.
Den tyske landbruksministeren Horst Seehofer vil kommentere saken på en pressekonferanse senere tirsdag kveld.
Østerrike og Romania
To svaner ble tidligere tirsdag funnet døde i det sørlige Østerrike, og de var begge blitt smittet av den farlige H5N1-typen av fugleinfluensaen. Dette er første gang det er oppdaget denne typen fugleinfluensa i landet.
Tirsdag ble det også bekreftet at H5N1 har rammet kyllinger i Romania. Dermed er denne typen av viruset oppdaget i minst sju europeiske land.
Prøver fra de to døde fuglene som ble funnet i Østerrike, er nå sendt til et EU-laboratorium i England for videre analyser.
H5N1-varianten av fugleviruset ble funnet i døde svaner i Hellas, Italia og Bulgaria sist lørdag.
Viruset har også spredd seg fra Asia til Afrika, hvor det har krevd minst 91 menneskeliv og ført til at flere millioner fugler er blitt avlivet.