90.000 passasjerer blir berørt, opplyser selskapet. 58 interkontinentale flyginger er blant dem som innstilles.
Onsdag regner imidlertid selskapet med at trafikken vil gå som normalt igjen.
Medlemmer av fagorganisasjonen ver.di på flyplassene er tatt ut i streik som ledd i en større arbeidskonflikt i tysk offentlig sektor. Fagorganisasjonen krever 6 prosents lønnsøkning for rundt 2,3 millioner offentlig ansatte.
På flyplassen i Frankfurt, som er Tysklands største, er blant annet brannmannskaper tatt ut i streik.