Daum fullfører dermed ikke kontrakten med den belgiske fotballklubben som opprinnelig gikk til juni neste år.
Den 59-årige tyskeren tok over treneransvaret i Bakengas klubb i november i fjor. Daum reiser hjem til Tyskland av personlige årsaker.
Tyskeren regnes som en kandidat til trenerjobber i både Hertha Berlin og Köln.
Under Daums ledelse har Brugge blitt nummer to i belgisk 1. divisjon og er sikret mesterligakvalifisering. (©NTB)